Das Einzugsgebiet der Nister  bis zum Pegel Heimborn leigt überwiegend im Hohen Westerwald und Oberen Westerwald. Der Pegel selbst im Nordwesten liegt schon im Bergisch-Sauerländische Gebirge, dem Mittelsiegbergland, das aber nur mit einer kleinen Fläche Anteil am Einzugsgebiet hat.

Das Einzugsgebiet erstreckt sich über Höhenbereiche von 196 bis 657 m üNN, wobei der größte Teil des Einzugsgebietes unter    m hoch liegt. Der Pegel Heimborn liegt 196 m üNN. Die größten Erhebungen zeigen Bereiche im Oberlauf der Nister im Nordorsten des Einzugsgebiet.

In den steilen Tälern der Nister  und ihrer Zuflüsse werden Hangneigungen bis ca. 50° erreicht. Das mittlere Gefälle im Einzugsgebiet beträgt etwa 5°, die meisten Flächen haben Hangneigungen unter  8°.

Der größte Teil des Einzugsgebietes liegt im Ober- und Hohen Westerwald. Im Nordwesten des Einzugsgebietes, beim Pegel Heimborn ragt das Mittelsiebergalnd mit einer kleinen Fläche in das Einzugsgebiet hinein. Die Nordwestliche Wasserscheide bildet die Altenkirchner Hochfläche, die schon zum Niederwesterwald gehört.

Der Hohe Westerwald ist eine nach Südwesten geneigte, allseitig entwässerte, randlich zerlappte und ungleichmäßig, zumeist schwach bewaldete Basalthochfläche. Der Oberwesterwald ist ein teils bewaldetes vulkanisches Kuppenland mit größeren Basaltdecken, der Höhen bis ca. 450 m erreicht.

• Südliches Mittelsiegbergland: Unterschiedlich stark zertaltes, zwischen 300 m und 400 m hohes, nach Norden zum Siegtal abfallendes, bewaldetes Bergland am Nordrand des Niederwesterwaldes. Bis zum Pegel Heimborn ist das Nisterbergland das windungsreiche Nistertal in   200 bis 350 m üNN.
• Neunkhausen-Weitefelder Plateau: Eine fast ebene, gering zertalte, offene Basalthochfläche auf ca. 480 mÜNN, die der höheren Westerwälder Basalthochfläche im Nordwesten vorgelagert ist und die Wasserscheide zwischen Nister und Sieg bildet. Charakteristisch ist der Wechsel zwischen sanft eingesenkten, vermoorten und quellreichen Talmulden und sanft aufgewölbten, mit Lösslehm bedeckten Erhebungen. Hohe Niederschläge und die geringe Durchlässigkeit der Böden sind Ursache für eine große Zahl an Quellen, die in den vermoorten Talanfängen austreten.
• Westerwälder Basalthochfläche: Nahezu entwaldete, höchste Teileinheit und Kernfläche des Hohen Westerwaldes mit durchschnittlich 550 m Höhe und einzelnen bis über 650 m ü. NN aufsteigenden Erhebungen. Charakteristisch sind weiche Formen und ein weitgespanntes, flachwelliges, mäßig zertaltes Relief, das die Nebenflüsse der Nister spornartig aufgelösen. Es herrscht ein feuchtkühles, windreiches Klima, im Luv der Kuppen fallen durchschnittlich ca.1000 mm Niederschlag pro Jahr. Die Lehmböden der Basaltverwitterung führen zusammen mit in den Talanfängen austretenden Quellen häufig zu Vermoorung und Staunässe.
• Dreifelder Weiherland: Leicht gewelltes und in der Mitte eingesenktes Plateau aus wasserundurchlässigen Basalten auf 430 bis 450 m üNN. Das Plateau bricht ncoh Nordwesten  scharf ab; die bewaldeten Randhöhen im Süden und Süwesten werden durch bis zu 465 m ü.NN aufragende Basaltkuppen gebildet.

• Nisterbergland: Bis zum Pegel Heimborn ist das Nisterbergland das windungsreiche Nistertal in   200 bis 350 m üNN.